Keselamatan dan kesehatan kerja merupakan hal terpenting dalam setiap aktifitas kerja di lapangan. Karena dunia pertambanggan memiliki risiko kerja yang tinggi, untuk menekan tingkat kecelakaan kerja, PT Berau Coal menerapkan Berau Coal Green Mining System atau BeGeMS, sebuah sistem untuk mewujudkan keselamatan, kesehatan kerja dan kelestarian lingkungan.  BeGeMS juga memiliki arti lain yaitu permata. PT Berau Coal berkomitmen menjadi perusahaan pengelola tambang yang menjadikan prosedur keselamatan sama berharganya seperti sebuah permata. Tidak hanya karyawan, PT Berau Coal juga memiliki Contractor Safety Management System (CSMS) yang wajib diterapkan seluruh kontraktor yang bekerja di area pertambangan PT Berau Coal. Pada Februari 2007, PT Berau Coal menerima sertifikasi OHSAS 18001. Dan pada Maret 2011, telah dilakukan resertifikasi OHSAS 18001, suatu standar internasional untuk sistem manajemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja

Kinerja Kesehatan dan Keselamatan tahun 2013

• Tidak adanya kecelakaan kerja berakibat fatal.
• PT Berau Coal menerima penghargaan ‘Peringkat Perak’ dari Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM), sebagai apresiasi atas praktek manajemen keselamatan kerja yang baik. Memenuhi peraturan kriteria assesment yang baik dan menjalankan standar keselamatan internasional OHSAS 18001.
• Mengadakan pelatihan keselamatan dan kesehatan kerja di bawah kurikulum baru dan pengembangan sistem ‘SIMAK K3’.
• Semua workshop, unit dan alat menjalankan kebijakan commissioning untuk mendukung prosedur keselamatan